La zona è stata popolata da tempi antichissimi dalla popolazione dei liguri che adoravano l’antico Dio Pen (il Giove dei Liguri) per il quale non venivano eretti templi ma che veniva identificato nella montagna più suggestiva della zona, che ne ha derivato anche il nome: il Monte Penna.
Le ultime tribù dei liguri furono sconfitte 150 anni prima della nascita di Cristo e la Valle passò sotto i dominio dei romani seguendo poi le vicende dell’Impero.
Nel 1164 Federico Barbarossa donò il feudo della valle a Obizio Malaspina: dopo i Malaspina si susseguirono nel dominio della zona, fino al 1796, i casati dei Fieschi e dei Doria. Si deve ai Malaspina la costruzione del Castello, le cui mura esterne sono state recentemente restaurate, e che domina il centro del paese.

Dopo la ribellione del popolo alla dominazione dei Doria (si dice che i "bravi" dell’ultimo feudatario furono gettati dal ponte del paese che ancora oggi ricorda questo episodio portano il nome de "il ponte dei bravi") il territorio di Santo Stufano passò alla Repubblica di Genova e poi al Regno di Sardegna, aprendo un periodo di fioritura del commercio e del contrabbando (come si può vedere anche dalle caserme che Maria Luigia d’Austria fece costruire sulle principali direttrici, i cui resti sono ancora visibili).
Il legame della famiglia Doria con Santo Stefano si manifesta ancora nella Chiesa Parrocchiale dove al centro dell’Altare Maggiore è visibile la tela raffigurante la Madonna di Guadalupe, donata dal Cardinale Giuseppe Doria alla comunità di Santo Stefano nel 1814, che si dice si trovasse sulla galea di Andrea Doria durante la battaglia di Lepanto del 1571. La Madonna di Guadalupe è infatti la patrona del paese: la festività viene celebrata la prima domenica dopo ferragosto e il 27 di agosto con una suggestiva messa che si svolge sulla cima del Monte Maggiorasca.